I fratelli eseguiscenu a tecnica alchimica pruibita di trasmutazione umana in un sforzu per risuscitalla quandu Trisha more da a pesta. Di conseguenza, a trasmutazione torna in fiamme è in dirittu cù uguale scambiu, a gamba sinistra è u corpu interu d'Edward d'Alphonse sò arruinati. Edward perde u so bracciu dirittu per salvà l'anima d'Alphonse, u liganu avendu un sigillo di sangue in un vestitu d'armatura. Roy Mustang invita Edward à diventà un metudu per ristabilisce u corpu d'Alphonse da esse ricercatu da un Alchimista di u Statu. Edward trionfa, diventendu u nome secondu i so membri protesi, l'Alchimista Fullmetal.
Trè anni dopu, l'Elrics cercanu a leggendaria Pietra Filosofale per realizà i so scopi. Marcoh manda e so note per esse truvate da elli, tuttavia amparanu u fattore essenziale per fà veramente chì a Pietra sia sacrifici umani. L'amicu di Mustang, Maes Hughes, cuntinueghja a so ricerca, ma hè tombu cù una invidia travestita per avè trovu e strategie di l'omunculi.
Videndu cun Izumi, l'Elrics amparanu chì a transmutazione umana hè stata perpetrata da ella nantu à u so figliolu mortu. L'innunzia canaglia Avidità cattura Alphonse, ma hè salvata da u presidente di Amestris, u rè Bradley, dimustratu chì funziona cum'è omunculu Ira. L'avidità hè dunque sciolta da e riassorbita in u Padre originariu di l'Omunculi. Winry è l'Elrics tornanu à Central City per andà cun Hughes ma amparanu di a so morte. U tenente Maria Ross hè incaricatu di l'omicidiu di Hughes, ma hè apparentemente uccisu da Mustang. Eppuru, Edward s'ampara chì a partenza di Ross hè stata messa in scena per ch'ella sia trasmissibile da Mustang da i Stati Uniti à Xing, aiutata da u principe Xingese Ling Yao. Hohenheim hè riunitu da Edward ma u disprezza per a so longa assenza in residenza.
Mentre a narrativa avanza, l'Omunculi sò scontrati da i prutagunisti ripetutamente. Mustang uccide a lussuria; Mustang è Ling piglianu Glutunia, quantunque finisce per cunsumà Invidia in u so nulu, è Edward, Ling -like ventre. A Glutunia porta Alphonse à scuntrà à Babbu, ma Ling si trasforma ghjustu in un omunculu, specificamente u più novu avatar di l'Avidità, quandu l'altri scappanu da u ventre di Glutunia. I Elrics sò liberati per cuntinuà a so ricerca sempre chì u Babbu ùn sia micca opposti da elli.
Situendu un tunnel sotterraniu sottu Briggs, u Generale Olivier Armstrong trova chì Babbu è l'Elrics anu creatu un gruppu di trasmutazione naziunale è hà l'intenzione di dà i so citadini per ch'ellu sia capace di ascendere à divinità. L'avidità si ritrova tradisce u ricordu di Babbu è di u so sè stessu, assuciatu cù dopu, è Edward, i servitori chimere di Kimblee Hohenheim. Hohenheim divulga à i so figlioli individualmente chì ùn hè micca mortale, trasformatu dirittu in una Pietra Filosofale viva da Babbu quattru centu anni fà.
U Ghjornu di a Promessa ghjunghje è Babbu si prepara à inizià a so strategia avendu un'eclissi è quelli chì anu pruvatu a trasmutazione umana cum'è i so sacrifici chì sò essenziali. I varii prutagunisti sò in cuntrastu cù i servitori di u Babbu, cù tutti i Homunculi chì scadenu. Dopu à un Mustang furzatu, è ancu i Elrics, Izumi, Hohenheim sò raccolti mentre e cause papà attivanu a trasmutazione naziunale. Tuttavia, Scar è Hohenheim attivanu l'Amestriani per esse salvati da contromisure. L'Avidità hè ruvinata da u Babbu, ancu se babbu hè affruntatu sopra à a terra induve i prutagunisti si battenu per usà a so Pietra Filosofale.
Alphonse, chì a so armatura hè guasi ruvinata per l'ultimu cunflittu contr'à u Babbu, dà u so spiritu per ritruvà u bracciu dirittu, chì a sua volta rovina a Pietra di u Babbu, u rimandò à a porta eterea di a Verità di Edward. Edward perde u so putere di fà alchimia per ricuperà l'anima è u corpu d'Alphonse. Hohenheim vede a fossa induve ellu more cù un surrisu di Trisha.
